Protein–RNA interactions for Protein: Q9HCM9

TRIM39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, humanhuman

Predictions only

Length 518 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM39Q9HCM9 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
TRIM39Q9HCM9 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
TRIM39Q9HCM9 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
TRIM39Q9HCM9 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms