Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC23.11■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC23.08■■□□□ 1.29
CCDC3Q9BQI4 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC3Q9BQI4 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms