Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC3Q9BQI4 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC3Q9BQI4 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms