Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SEMA3DO95025 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SEMA3DO95025 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SEMA3DO95025 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SEMA3DO95025 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms