Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
NPHP4O75161 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
NPHP4O75161 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
NPHP4O75161 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
NPHP4O75161 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
NPHP4O75161 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC34.5■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC34.5■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC34.49■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC34.49■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC34.49■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.48■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC34.48■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC34.47■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.47■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC34.47■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC34.47■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.46■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
NPHP4O75161 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.44■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.43■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC34.43■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.43■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC34.43■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC34.43■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC34.41■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC34.41■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC34.41■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC34.41■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC34.41■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC34.41■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC34.41■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.4■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC34.4■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC34.39■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC34.39■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
NPHP4O75161 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC34.38■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC34.37■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC34.36■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC34.36■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC34.35■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC34.34■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC34.34■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC34.33■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC34.33■■■■□ 3.09
NPHP4O75161 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC34.31■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC34.3■■■■□ 3.08
NPHP4O75161 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC34.3■■■■□ 3.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 107.7 ms