Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
CCDC43Q96MW1 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
CCDC43Q96MW1 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
CCDC43Q96MW1 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
CCDC43Q96MW1 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
CCDC43Q96MW1 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
CCDC43Q96MW1 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
CCDC43Q96MW1 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
CCDC43Q96MW1 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms