Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SKA3Q8IX90 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC21.05■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
SKA3Q8IX90 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 152.1 ms