Protein–RNA interactions for Protein: Q8IV63

VRK3, Inactive serine/threonine-protein kinase VRK3, humanhuman

Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VRK3Q8IV63 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VRK3Q8IV63 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VRK3Q8IV63 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VRK3Q8IV63 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
VRK3Q8IV63 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VRK3Q8IV63 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VRK3Q8IV63 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VRK3Q8IV63 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VRK3Q8IV63 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.45■■□□□ 1.35
VRK3Q8IV63 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VRK3Q8IV63 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms