Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

Predictions only

Length 688 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
USP49Q70CQ1 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
USP49Q70CQ1 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP49Q70CQ1 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP49Q70CQ1 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP49Q70CQ1 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
USP49Q70CQ1 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP49Q70CQ1 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
USP49Q70CQ1 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP49Q70CQ1 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
USP49Q70CQ1 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP49Q70CQ1 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP49Q70CQ1 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
USP49Q70CQ1 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.4 ms