Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 CEP192-211ENST00000513432 8635 ntTSL 1 (best)6.89□□□□□ -1.315e-6■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 PRDM2-202ENST00000311066 7437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.58□□□□□ -1.365e-6■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 CEP192-215ENST00000589993 3284 ntTSL 56.16□□□□□ -1.425e-6■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 CEP192-209ENST00000511820 6455 ntTSL 1 (best)5.88□□□□□ -1.475e-6■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 PRDM2-206ENST00000413440 6175 ntTSL 1 (best) BASIC5.58□□□□□ -1.525e-6■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 CEP192-203ENST00000506447 7960 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC4.6□□□□□ -1.675e-6■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 CEP192-201ENST00000325971 7764 ntTSL 5 BASIC4.35□□□□□ -1.715e-6■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 PPIL2-206ENST00000458567 557 ntTSL 43.89□□□□□ -1.795e-6■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 CEP95-202ENST00000553956 2669 ntTSL 1 (best)3.59□□□□□ -1.835e-6■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 TBCA-202ENST00000380377 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.77□□□□□ -0.696e-8■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 TBCA-201ENST00000306388 2301 ntTSL 2 BASIC9.2□□□□□ -0.946e-8■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 TBCA-208ENST00000520361 446 ntTSL 2 BASIC8.78□□□□□ -16e-8■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 TBCA-205ENST00000518218 717 ntTSL 28.31□□□□□ -1.086e-8■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 TBCA-206ENST00000518338 551 ntTSL 2 BASIC6.89□□□□□ -1.316e-8■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 TBCA-203ENST00000517679 545 ntTSL 3 BASIC6.73□□□□□ -1.336e-8■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 TBCA-209ENST00000522370 435 ntTSL 3 BASIC6.41□□□□□ -1.386e-8■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 TBCA-207ENST00000520039 157 ntTSL 3 BASIC5.03□□□□□ -1.66e-8■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 PAIP2-203ENST00000507415 423 ntTSL 314.04□□□□□ -0.165e-6■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 ANKRD11-205ENST00000562194 618 ntTSL 315.37■□□□□ 0.051e-7■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 ANKRD11-202ENST00000330736 8342 ntTSL 513.48□□□□□ -0.251e-7■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 ANKRD11-203ENST00000378330 9132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.29□□□□□ -0.281e-7■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 ANKRD11-201ENST00000301030 9301 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.09□□□□□ -0.311e-7■■□□□ 13.1
CPSF6Q16630 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.994e-7■■□□□ 13
CPSF6Q16630 SMC1A-201ENST00000322213 9784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.88□□□□□ -1.312e-8■■□□□ 12.9
CPSF6Q16630 SMC1A-202ENST00000375340 9930 ntTSL 1 (best) BASIC6.51□□□□□ -1.372e-8■■□□□ 12.9
CPSF6Q16630 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.673e-9■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SSR1-208ENST00000483409 570 ntTSL 412.64□□□□□ -0.393e-9■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SSR1-203ENST00000462112 1094 ntTSL 4 BASIC7.76□□□□□ -1.173e-9■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SSR1-210ENST00000489567 1893 ntTSL 3 BASIC7.44□□□□□ -1.223e-9■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SSR1-201ENST00000244763 9669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.33□□□□□ -1.243e-9■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SSR1-206ENST00000479365 1118 ntTSL 5 BASIC6.9□□□□□ -1.33e-9■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SSR1-209ENST00000488834 585 ntTSL 46.59□□□□□ -1.353e-9■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SSR1-202ENST00000397511 3248 ntTSL 5 BASIC4.89□□□□□ -1.633e-9■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.913e-7■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SRSF11-208ENST00000463859 1035 ntTSL 58.78□□□□□ -13e-7■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SRSF11-202ENST00000370950 3784 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.51□□□□□ -1.373e-7■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SRSF11-214ENST00000484162 4008 ntTSL 1 (best)6.39□□□□□ -1.393e-7■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SRSF11-216ENST00000489188 784 ntTSL 25.58□□□□□ -1.523e-7■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SRSF11-201ENST00000370949 3034 ntTSL 1 (best) BASIC5.2□□□□□ -1.583e-7■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 SRSF11-206ENST00000461935 3501 ntTSL 1 (best)4.11□□□□□ -1.753e-7■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 DDX3X-201ENST00000399959 5399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.246e-11■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 DDX3X-203ENST00000457138 5346 ntTSL 2 BASIC10.85□□□□□ -0.676e-11■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 DDX3X-215ENST00000625837 3237 ntTSL 5 BASIC10.46□□□□□ -0.736e-11■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 DDX3X-217ENST00000629496 5023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.13□□□□□ -0.796e-11■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 DDX3X-216ENST00000626301 3013 ntTSL 5 BASIC9.97□□□□□ -0.816e-11■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 DDX3X-212ENST00000616050 818 ntTSL 59.87□□□□□ -0.836e-11■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 DDX3X-218ENST00000629785 3457 ntTSL 59.84□□□□□ -0.836e-11■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 DDX3X-220ENST00000630370 3120 ntTSL 59.56□□□□□ -0.886e-11■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 DDX3X-221ENST00000630858 3181 ntTSL 59.54□□□□□ -0.886e-11■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 DDX3X-219ENST00000630255 3289 ntTSL 59.51□□□□□ -0.896e-11■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 DDX3X-204ENST00000478993 3397 ntTSL 1 (best)9.07□□□□□ -0.966e-11■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 PPARGC1B-201ENST00000309241 10568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.11□□□□□ -1.117e-6■■□□□ 12.8
CPSF6Q16630 HSP90AB1-202ENST00000371554 2674 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.87□□□□□ -0.834e-51■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 HSP90AB1-203ENST00000371646 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.37□□□□□ -0.914e-51■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 HSP90AB1-201ENST00000353801 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.92□□□□□ -0.984e-51■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 HSP90AB1-204ENST00000620073 2644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.46□□□□□ -1.054e-51■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 TMEM70-201ENST00000312184 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.594e-6■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 SRRT-204ENST00000448764 1607 ntTSL 516.4■□□□□ 0.225e-6■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 SRRT-217ENST00000618411 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.085e-6■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 SRRT-210ENST00000477529 540 ntTSL 213.24□□□□□ -0.295e-6■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 SRRT-213ENST00000611405 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.555e-6■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 SRRT-215ENST00000614484 2964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.615e-6■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 SRRT-216ENST00000618262 2955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.615e-6■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 SRRT-203ENST00000445337 446 ntTSL 36.07□□□□□ -1.445e-6■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 EPM2AIP1-201ENST00000322716 8126 ntAPPRIS P1 BASIC12.36□□□□□ -0.432e-6■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 EPM2AIP1-202ENST00000623924 543 ntTSL 56.09□□□□□ -1.432e-6■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 NCL-207ENST00000461347 3967 ntTSL 214.36□□□□□ -0.112e-17■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 NCL-201ENST00000322723 4034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.562e-17■■□□□ 12.7
CPSF6Q16630 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.853e-6■■□□□ 12.6
CPSF6Q16630 TPR-205ENST00000474852 2757 ntTSL 1 (best)15.95■□□□□ 0.143e-6■■□□□ 12.6
CPSF6Q16630 TPR-207ENST00000491783 882 ntTSL 510.66□□□□□ -0.73e-6■■□□□ 12.6
CPSF6Q16630 HSPA9-213ENST00000524109 1175 ntTSL 510.59□□□□□ -0.713e-6■■□□□ 12.6
CPSF6Q16630 HSPA9-201ENST00000297185 3321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.15□□□□□ -0.783e-6■■□□□ 12.6
CPSF6Q16630 LUC7L3-204ENST00000503798 663 ntTSL 39.36□□□□□ -0.913e-6■■□□□ 12.6
CPSF6Q16630 TPR-204ENST00000469463 420 ntTSL 56□□□□□ -1.453e-6■■□□□ 12.6
CPSF6Q16630 HSPA9-202ENST00000501917 275 ntTSL 34.57□□□□□ -1.683e-6■■□□□ 12.6
CPSF6Q16630 HSPA9-211ENST00000512328 482 ntTSL 34.04□□□□□ -1.763e-6■■□□□ 12.6
CPSF6Q16630 SPCS3-201ENST00000503362 4571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.22□□□□□ -0.292e-10■■□□□ 12.6
CPSF6Q16630 SETD5-203ENST00000402198 6827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.49□□□□□ -0.732e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 SETD5-201ENST00000302463 4786 ntTSL 1 (best) BASIC9.48□□□□□ -0.892e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 SETD5-204ENST00000406341 6582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.13□□□□□ -1.112e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 SETD5-205ENST00000407969 6463 ntTSL 5 BASIC7.71□□□□□ -1.182e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 SETD5-206ENST00000413704 3428 ntTSL 27.1□□□□□ -1.272e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 SETD5-228ENST00000493918 4861 ntTSL 1 (best)6.96□□□□□ -1.292e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 SETD5-202ENST00000399686 3362 ntTSL 56.86□□□□□ -1.312e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 SETD5-217ENST00000466242 4038 ntTSL 26.26□□□□□ -1.412e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 POLE3-204ENST00000479871 2396 ntTSL 213.97□□□□□ -0.179e-8■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 POLE3-202ENST00000374171 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.64□□□□□ -0.559e-8■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 POLE3-201ENST00000374169 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.8□□□□□ -0.689e-8■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 ARGLU1-203ENST00000400198 3390 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.318e-7■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 ARGLU1-202ENST00000375926 821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC6.44□□□□□ -1.388e-7■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.289e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.159e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.19e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 RPS18-236ENST00000490191 996 ntTSL 214.27□□□□□ -0.139e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 TUBB2A-201ENST00000333628 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.389e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 CKS2-201ENST00000314355 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.529e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 CTSC-202ENST00000393301 598 ntTSL 211.35□□□□□ -0.599e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 RPS18-234ENST00000476222 685 ntTSL 1 (best)10.84□□□□□ -0.679e-6■■□□□ 12.5
CPSF6Q16630 RPS18-235ENST00000479802 413 ntTSL 210.84□□□□□ -0.679e-6■■□□□ 12.5
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