Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COPB1P53618 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COPB1P53618 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
COPB1P53618 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COPB1P53618 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COPB1P53618 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COPB1P53618 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
COPB1P53618 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
COPB1P53618 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COPB1P53618 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
COPB1P53618 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COPB1P53618 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COPB1P53618 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COPB1P53618 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COPB1P53618 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
COPB1P53618 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COPB1P53618 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
COPB1P53618 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COPB1P53618 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COPB1P53618 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
COPB1P53618 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COPB1P53618 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COPB1P53618 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
COPB1P53618 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
COPB1P53618 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COPB1P53618 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COPB1P53618 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COPB1P53618 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COPB1P53618 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
COPB1P53618 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COPB1P53618 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC26.27■■□□□ 1.8
COPB1P53618 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COPB1P53618 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COPB1P53618 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COPB1P53618 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
COPB1P53618 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
COPB1P53618 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
COPB1P53618 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COPB1P53618 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COPB1P53618 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
COPB1P53618 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COPB1P53618 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COPB1P53618 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COPB1P53618 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COPB1P53618 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COPB1P53618 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COPB1P53618 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
COPB1P53618 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COPB1P53618 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COPB1P53618 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
COPB1P53618 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
COPB1P53618 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
COPB1P53618 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
COPB1P53618 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
COPB1P53618 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
COPB1P53618 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
COPB1P53618 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COPB1P53618 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COPB1P53618 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COPB1P53618 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
COPB1P53618 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
COPB1P53618 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COPB1P53618 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COPB1P53618 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
COPB1P53618 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
COPB1P53618 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
COPB1P53618 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
COPB1P53618 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COPB1P53618 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COPB1P53618 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COPB1P53618 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
COPB1P53618 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
COPB1P53618 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COPB1P53618 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COPB1P53618 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COPB1P53618 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COPB1P53618 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COPB1P53618 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
COPB1P53618 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
COPB1P53618 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
COPB1P53618 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COPB1P53618 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COPB1P53618 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
COPB1P53618 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
COPB1P53618 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
COPB1P53618 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COPB1P53618 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COPB1P53618 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COPB1P53618 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COPB1P53618 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COPB1P53618 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COPB1P53618 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
COPB1P53618 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COPB1P53618 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COPB1P53618 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COPB1P53618 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COPB1P53618 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COPB1P53618 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
COPB1P53618 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
COPB1P53618 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms