Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC41.18■■■■■ 4.18
CUX1P39880 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC41.17■■■■■ 4.18
CUX1P39880 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.17■■■■■ 4.18
CUX1P39880 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC41.17■■■■■ 4.18
CUX1P39880 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC41.17■■■■■ 4.18
CUX1P39880 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC41.17■■■■■ 4.18
CUX1P39880 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC41.17■■■■■ 4.18
CUX1P39880 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.17■■■■■ 4.18
CUX1P39880 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.16■■■■■ 4.18
CUX1P39880 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.15■■■■■ 4.18
CUX1P39880 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC41.14■■■■■ 4.18
CUX1P39880 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.13■■■■■ 4.18
CUX1P39880 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.13■■■■■ 4.17
CUX1P39880 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC41.13■■■■■ 4.17
CUX1P39880 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC41.12■■■■■ 4.17
CUX1P39880 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.12■■■■■ 4.17
CUX1P39880 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC41.11■■■■■ 4.17
CUX1P39880 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC41.11■■■■■ 4.17
CUX1P39880 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC41.11■■■■■ 4.17
CUX1P39880 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC41.11■■■■■ 4.17
CUX1P39880 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC41.11■■■■■ 4.17
CUX1P39880 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC41.11■■■■■ 4.17
CUX1P39880 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.11■■■■■ 4.17
CUX1P39880 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC41.1■■■■■ 4.17
CUX1P39880 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC41.1■■■■■ 4.17
CUX1P39880 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC41.1■■■■■ 4.17
CUX1P39880 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC41.09■■■■■ 4.17
CUX1P39880 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC41.09■■■■■ 4.17
CUX1P39880 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC41.08■■■■■ 4.17
CUX1P39880 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC41.08■■■■■ 4.17
CUX1P39880 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC41.08■■■■■ 4.17
CUX1P39880 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC41.08■■■■■ 4.17
CUX1P39880 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC41.07■■■■■ 4.16
CUX1P39880 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC41.07■■■■■ 4.16
CUX1P39880 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC41.07■■■■■ 4.16
CUX1P39880 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.06■■■■■ 4.16
CUX1P39880 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.06■■■■■ 4.16
CUX1P39880 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.05■■■■■ 4.16
CUX1P39880 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC41.05■■■■■ 4.16
CUX1P39880 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC41.05■■■■■ 4.16
CUX1P39880 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC41.05■■■■■ 4.16
CUX1P39880 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC41.05■■■■■ 4.16
CUX1P39880 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.04■■■■■ 4.16
CUX1P39880 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC41.04■■■■■ 4.16
CUX1P39880 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC41.04■■■■■ 4.16
CUX1P39880 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC41.04■■■■■ 4.16
CUX1P39880 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC41.03■■■■■ 4.16
CUX1P39880 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC41.03■■■■■ 4.16
CUX1P39880 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC41.03■■■■■ 4.16
CUX1P39880 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC41.03■■■■■ 4.16
CUX1P39880 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC41.03■■■■■ 4.16
CUX1P39880 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC41.03■■■■■ 4.16
CUX1P39880 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC41.03■■■■■ 4.16
CUX1P39880 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.03■■■■■ 4.16
CUX1P39880 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC41.03■■■■■ 4.16
CUX1P39880 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC41.02■■■■■ 4.16
CUX1P39880 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.02■■■■■ 4.16
CUX1P39880 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.02■■■■■ 4.16
CUX1P39880 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC41.02■■■■■ 4.16
CUX1P39880 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC41.01■■■■■ 4.16
CUX1P39880 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC41.01■■■■■ 4.16
CUX1P39880 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC41.01■■■■■ 4.16
CUX1P39880 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC41.01■■■■■ 4.16
CUX1P39880 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41■■■■■ 4.15
CUX1P39880 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41■■■■■ 4.15
CUX1P39880 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41■■■■■ 4.15
CUX1P39880 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC41■■■■■ 4.15
CUX1P39880 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.99■■■■■ 4.15
CUX1P39880 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC40.99■■■■■ 4.15
CUX1P39880 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.99■■■■■ 4.15
CUX1P39880 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC40.98■■■■■ 4.15
CUX1P39880 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.98■■■■■ 4.15
CUX1P39880 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC40.98■■■■■ 4.15
CUX1P39880 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC40.98■■■■■ 4.15
CUX1P39880 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC40.98■■■■■ 4.15
CUX1P39880 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC40.97■■■■■ 4.15
CUX1P39880 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC40.97■■■■■ 4.15
CUX1P39880 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.97■■■■■ 4.15
CUX1P39880 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC40.96■■■■■ 4.15
CUX1P39880 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC40.96■■■■■ 4.15
CUX1P39880 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC40.95■■■■■ 4.15
CUX1P39880 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.94■■■■■ 4.14
CUX1P39880 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC40.94■■■■■ 4.14
CUX1P39880 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.94■■■■■ 4.14
CUX1P39880 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC40.93■■■■■ 4.14
CUX1P39880 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.93■■■■■ 4.14
CUX1P39880 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.93■■■■■ 4.14
CUX1P39880 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC40.93■■■■■ 4.14
CUX1P39880 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.93■■■■■ 4.14
CUX1P39880 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.92■■■■■ 4.14
CUX1P39880 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.92■■■■■ 4.14
CUX1P39880 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC40.92■■■■■ 4.14
CUX1P39880 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.91■■■■■ 4.14
CUX1P39880 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC40.91■■■■■ 4.14
CUX1P39880 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC40.91■■■■■ 4.14
CUX1P39880 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC40.9■■■■■ 4.14
CUX1P39880 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC40.9■■■■■ 4.14
CUX1P39880 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC40.9■■■■■ 4.14
CUX1P39880 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC40.9■■■■■ 4.14
CUX1P39880 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC40.9■■■■■ 4.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.1 ms