Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL6A3P12111 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC25.83■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A3P12111 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC25.7■■□□□ 1.71
COL6A3P12111 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
COL6A3P12111 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms