Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.44
CHMP3Q9Y3E7 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC30.26■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC30.24■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC30.24■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
CHMP3Q9Y3E7 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC30.18■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC30.18■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC30.18■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.16■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
CHMP3Q9Y3E7 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.13■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC30.09■■■□□ 2.41
CHMP3Q9Y3E7 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 228.4 ms