Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
KLHL28Q9NXS3 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
KLHL28Q9NXS3 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
KLHL28Q9NXS3 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
KLHL28Q9NXS3 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms