Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
DDX28Q9NUL7 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
DDX28Q9NUL7 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
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