Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SKA3Q8IX90 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SKA3Q8IX90 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SKA3Q8IX90 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
SKA3Q8IX90 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.4 ms