Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP49Q70CQ1 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
USP49Q70CQ1 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP49Q70CQ1 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC27.2■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
USP49Q70CQ1 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
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