Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXA9P31269 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HOXA9P31269 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXA9P31269 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXA9P31269 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXA9P31269 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HOXA9P31269 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
HOXA9P31269 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
HOXA9P31269 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
HOXA9P31269 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.8 ms