Protein–RNA interactions for Protein: P19447

ERCC3, TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit, humanhuman

Predictions only

Length 782 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC3P19447 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC28.06■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
ERCC3P19447 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.96■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
ERCC3P19447 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.94■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
ERCC3P19447 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.05
ERCC3P19447 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
ERCC3P19447 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms