Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VIMP08670 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VIMP08670 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VIMP08670 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VIMP08670 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VIMP08670 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VIMP08670 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VIMP08670 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VIMP08670 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VIMP08670 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VIMP08670 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VIMP08670 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VIMP08670 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VIMP08670 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VIMP08670 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VIMP08670 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VIMP08670 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VIMP08670 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VIMP08670 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VIMP08670 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VIMP08670 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VIMP08670 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VIMP08670 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VIMP08670 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VIMP08670 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VIMP08670 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VIMP08670 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VIMP08670 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VIMP08670 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VIMP08670 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VIMP08670 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VIMP08670 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VIMP08670 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VIMP08670 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VIMP08670 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VIMP08670 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VIMP08670 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VIMP08670 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VIMP08670 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VIMP08670 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VIMP08670 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
VIMP08670 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VIMP08670 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VIMP08670 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VIMP08670 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VIMP08670 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VIMP08670 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VIMP08670 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
VIMP08670 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VIMP08670 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VIMP08670 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
VIMP08670 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VIMP08670 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VIMP08670 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VIMP08670 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VIMP08670 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VIMP08670 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VIMP08670 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VIMP08670 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VIMP08670 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VIMP08670 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VIMP08670 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VIMP08670 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VIMP08670 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VIMP08670 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VIMP08670 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VIMP08670 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VIMP08670 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VIMP08670 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VIMP08670 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VIMP08670 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VIMP08670 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VIMP08670 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VIMP08670 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VIMP08670 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VIMP08670 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VIMP08670 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VIMP08670 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VIMP08670 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VIMP08670 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VIMP08670 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VIMP08670 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VIMP08670 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VIMP08670 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VIMP08670 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VIMP08670 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VIMP08670 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VIMP08670 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VIMP08670 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VIMP08670 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VIMP08670 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
VIMP08670 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VIMP08670 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VIMP08670 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VIMP08670 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VIMP08670 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VIMP08670 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VIMP08670 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VIMP08670 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VIMP08670 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 105.6 ms