Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.92■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
DDX28Q9NUL7 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC21.89■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC21.83■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
DDX28Q9NUL7 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
DDX28Q9NUL7 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
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