Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

Predictions only

Length 688 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
USP49Q70CQ1 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
USP49Q70CQ1 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP49Q70CQ1 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC27.39■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 101.2 ms