Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Notum-202ENSMUST00000106177 2212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 March5-201ENSMUST00000024078 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Cep68-202ENSMUST00000109596 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Pim3-201ENSMUST00000042818 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Nog-201ENSMUST00000061728 1695 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Cdkl3-205ENSMUST00000109078 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Arhgap9-201ENSMUST00000069548 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Gnpnat1-201ENSMUST00000046191 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Dvl1-201ENSMUST00000030948 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Gm40983-202ENSMUST00000222598 1198 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Mageb3-201ENSMUST00000104936 2341 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Cdkn1c-202ENSMUST00000167912 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Kcnk12-201ENSMUST00000055221 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Hoxb3-201ENSMUST00000055334 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Dmrt3-201ENSMUST00000048935 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Slc36a1-201ENSMUST00000020499 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Map2k7-201ENSMUST00000003027 1626 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Dapk2-201ENSMUST00000034944 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Pitx2-202ENSMUST00000042587 2271 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 AC164550.2-201ENSMUST00000219127 2086 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Siah1b-202ENSMUST00000071667 1712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Aspscr1-203ENSMUST00000106158 1690 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Fancf-201ENSMUST00000169357 1691 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Gm45364-201ENSMUST00000210883 159 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Zcrb1-201ENSMUST00000076070 877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Oaz2-206ENSMUST00000153700 1843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 G630030J09Rik-201ENSMUST00000181958 2135 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Dmtn-209ENSMUST00000228295 2572 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Sccpdh-201ENSMUST00000040538 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Cacnb3-202ENSMUST00000109150 2670 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 A930035D04Rik-201ENSMUST00000064013 543 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Zfyve21-201ENSMUST00000021714 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 A830010M20Rik-207ENSMUST00000162298 1408 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Plpp5-201ENSMUST00000068916 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Stk32c-201ENSMUST00000016125 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Slc25a1-201ENSMUST00000003622 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Srd5a3-201ENSMUST00000031143 1747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
CtcfQ61164 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Kcnj12-202ENSMUST00000089184 2291 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 A230087F16Rik-201ENSMUST00000181055 2098 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Hspb1-202ENSMUST00000111155 930 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Mrps15-201ENSMUST00000030675 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Lbx1-201ENSMUST00000099401 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Mlx-201ENSMUST00000017945 1965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Rab21-201ENSMUST00000020343 4602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Ptpn12-201ENSMUST00000030556 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Cdc42bpb-201ENSMUST00000041965 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Raver2-202ENSMUST00000106955 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Cebpa-202ENSMUST00000205391 2161 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Bend7-202ENSMUST00000115022 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Fip1l1-202ENSMUST00000113534 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Foxe1-201ENSMUST00000095097 2804 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 March2-210ENSMUST00000186022 2470 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Ube2e2-205ENSMUST00000150727 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 D1Ertd622e-203ENSMUST00000149927 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Cdk18-202ENSMUST00000112362 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Ppp5c-201ENSMUST00000003183 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Ndrg2-202ENSMUST00000111632 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Gm26766-202ENSMUST00000227544 2347 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Gm16764-201ENSMUST00000138891 541 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Ergic1-206ENSMUST00000167662 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Atn1-201ENSMUST00000088357 4433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Usp48-205ENSMUST00000105840 5741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Tead2-202ENSMUST00000097216 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Mpzl1-201ENSMUST00000068705 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Spire2-201ENSMUST00000010298 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
CtcfQ61164 Phlpp1-201ENSMUST00000061047 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
CtcfQ61164 Begain-203ENSMUST00000190647 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CtcfQ61164 Ski-201ENSMUST00000030917 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CtcfQ61164 Kcnq5-205ENSMUST00000173058 2472 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CtcfQ61164 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CtcfQ61164 Gm9812-201ENSMUST00000061934 968 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
CtcfQ61164 Ubtf-210ENSMUST00000174302 4692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 69.1 ms