Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 LINC00470-209ENST00000582862 424 ntTSL 1 (best)6.9□□□□□ -1.33e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 UPF2-201ENST00000356352 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.44□□□□□ -1.381e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 LINC00470-207ENST00000581430 556 ntTSL 56.4□□□□□ -1.383e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 FAF1-204ENST00000487898 681 ntTSL 36.14□□□□□ -1.431e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 MATR3-230ENST00000394800 5513 ntTSL 5 BASIC5.42□□□□□ -1.542e-12■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 C11orf58-210ENST00000531658 4258 ntTSL 1 (best)4.83□□□□□ -1.641e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 LINC00470-202ENST00000577403 251 ntTSL 1 (best)4.68□□□□□ -1.663e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 C11orf58-203ENST00000524461 2040 ntTSL 24.14□□□□□ -1.751e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 HSP90AA1-210ENST00000560130 488 ntTSL 26.54□□□□□ -1.368e-29■■□□□ 14.3
CPSF6Q16630 EBNA1BP2-202ENST00000431635 1503 ntTSL 2 BASIC11.85□□□□□ -0.518e-7■■□□□ 14.3
CPSF6Q16630 EBNA1BP2-201ENST00000236051 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.9□□□□□ -0.988e-7■■□□□ 14.3
CPSF6Q16630 EBNA1BP2-204ENST00000463906 937 ntTSL 27.9□□□□□ -1.148e-7■■□□□ 14.3
CPSF6Q16630 VMA21-201ENST00000330374 4717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.7□□□□□ -1.188e-7■■□□□ 14.3
CPSF6Q16630 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.253e-6■■□□□ 14.2
CPSF6Q16630 SCAF8-203ENST00000417268 4944 ntTSL 2 BASIC12.62□□□□□ -0.393e-6■■□□□ 14.2
CPSF6Q16630 SCAF8-202ENST00000367186 4908 ntTSL 2 BASIC10.61□□□□□ -0.713e-6■■□□□ 14.2
CPSF6Q16630 TIAM2-208ENST00000461783 6981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.74□□□□□ -1.013e-6■■□□□ 14.2
CPSF6Q16630 TIAM2-207ENST00000460692 1194 ntTSL 28.35□□□□□ -1.073e-6■■□□□ 14.2
CPSF6Q16630 TIAM2-213ENST00000535064 768 ntTSL 57.87□□□□□ -1.153e-6■■□□□ 14.2
CPSF6Q16630 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC14.69□□□□□ -0.062e-11■■□□□ 14.1
CPSF6Q16630 SLTM-212ENST00000557924 3021 ntTSL 211.06□□□□□ -0.641e-6■■□□□ 14.1
CPSF6Q16630 SLTM-202ENST00000380516 4147 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.97□□□□□ -0.811e-6■■□□□ 14.1
CPSF6Q16630 SLTM-208ENST00000492526 3022 ntTSL 27.44□□□□□ -1.221e-6■■□□□ 14.1
CPSF6Q16630 MAP1B-201ENST00000296755 12036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.76□□□□□ -0.855e-6■■□□□ 14
CPSF6Q16630 TRA2A-204ENST00000474586 868 ntTSL 319.61■□□□□ 0.731e-6■■□□□ 13.9
CPSF6Q16630 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.561e-6■■□□□ 13.9
CPSF6Q16630 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.311e-6■■□□□ 13.9
CPSF6Q16630 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.31e-6■■□□□ 13.9
CPSF6Q16630 TRA2A-208ENST00000490942 862 ntTSL 1 (best)15.06■□□□□ 01e-6■■□□□ 13.9
CPSF6Q16630 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -01e-6■■□□□ 13.9
CPSF6Q16630 TRA2A-203ENST00000448549 582 ntTSL 414.26□□□□□ -0.131e-6■■□□□ 13.9
CPSF6Q16630 TRA2A-209ENST00000494255 1653 ntTSL 1 (best)11.84□□□□□ -0.511e-6■■□□□ 13.9
CPSF6Q16630 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.282e-6■■□□□ 13.8
CPSF6Q16630 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.932e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.484e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 RPRD1A-201ENST00000357384 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.342e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.22e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.062e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.024e-9■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 RPRD1A-208ENST00000589050 1022 ntTSL 1 (best)14.78□□□□□ -0.042e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 RPRD1A-202ENST00000399022 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.112e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 EIF5-202ENST00000392715 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.164e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 SAFB2-211ENST00000592599 2260 ntTSL 213.36□□□□□ -0.274e-9■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 DMTF1-202ENST00000394703 4038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.32e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 DMTF1-201ENST00000331242 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.342e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 SAFB2-210ENST00000591310 722 ntTSL 312.86□□□□□ -0.354e-9■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 EIF5-205ENST00000558506 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.374e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 FOXJ3-201ENST00000361346 5225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.45□□□□□ -0.422e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 FOXJ3-202ENST00000361776 5106 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.42□□□□□ -0.422e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 KIAA0368-202ENST00000338205 7078 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.512e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 SAFB2-209ENST00000591123 836 ntTSL 511.31□□□□□ -0.64e-9■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 DNAJC2-202ENST00000379257 942 ntTSL 1 (best)10.49□□□□□ -0.732e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 SAFB2-202ENST00000585449 443 ntTSL 59.98□□□□□ -0.814e-9■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 KIAA0368-203ENST00000374383 573 ntAPPRIS ALT2 TSL 28.36□□□□□ -1.072e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 FOXJ3-205ENST00000372573 5309 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC8.13□□□□□ -1.112e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 SAFB2-207ENST00000591101 551 ntTSL 27.54□□□□□ -1.24e-9■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 FOXJ3-203ENST00000372571 4468 ntTSL 2 BASIC7.12□□□□□ -1.272e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 FOXJ3-209ENST00000545068 5165 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC6.86□□□□□ -1.312e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 FOXJ3-204ENST00000372572 5352 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.76□□□□□ -1.332e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 DMTF1-216ENST00000447863 3954 ntTSL 1 (best)6.65□□□□□ -1.342e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 EIF5-207ENST00000558800 552 ntTSL 25.78□□□□□ -1.484e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 DMTF1-227ENST00000579677 3915 ntTSL 1 (best)5.27□□□□□ -1.572e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 DMTF1-204ENST00000413276 3548 ntTSL 5 BASIC5.17□□□□□ -1.582e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 DMTF1-203ENST00000412139 4460 ntTSL 24.99□□□□□ -1.612e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 DMTF1-224ENST00000547146 3657 ntTSL 54.6□□□□□ -1.672e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 DMTF1-229ENST00000580010 2370 nt4.55□□□□□ -1.682e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 RPRD1A-210ENST00000591994 2484 ntTSL 24.53□□□□□ -1.682e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 DMTF1-228ENST00000579850 3483 ntTSL 54.52□□□□□ -1.692e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 DMTF1-208ENST00000425406 3868 ntTSL 24.4□□□□□ -1.712e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 RPRD1A-204ENST00000585953 2357 ntTSL 33.95□□□□□ -1.782e-6■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 FAM178B-205ENST00000494172 592 ntTSL 316.95■□□□□ 0.33e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.273e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 FAM178B-201ENST00000393526 1004 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.21□□□□□ -0.453e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 FAM178B-202ENST00000470789 722 ntTSL 1 (best)10.73□□□□□ -0.693e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.58■■□□□ 1.368e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 PSMD10-201ENST00000217958 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.28□□□□□ -0.68e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 HNRNPA3-203ENST00000432457 643 ntTSL 39.42□□□□□ -0.98e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 PSMD10-205ENST00000372295 779 ntTSL 5 BASIC8.01□□□□□ -1.138e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 PSMD10-203ENST00000340200 713 ntTSL 3 BASIC7.68□□□□□ -1.188e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 PSMD10-204ENST00000361815 768 ntTSL 1 (best) BASIC7.23□□□□□ -1.258e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 SLTM-210ENST00000497088 716 ntTSL 26.54□□□□□ -1.368e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 PSMD10-206ENST00000372296 878 ntTSL 5 BASIC6.04□□□□□ -1.448e-7■■□□□ 13.7
CPSF6Q16630 LIMS1-215ENST00000544547 4461 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.163e-8■■□□□ 13.6
CPSF6Q16630 LIMS1-203ENST00000393310 4392 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.3□□□□□ -1.243e-8■■□□□ 13.6
CPSF6Q16630 PSMC6-209ENST00000555175 752 ntTSL 38.54□□□□□ -1.042e-6■■□□□ 13.5
CPSF6Q16630 PSMC6-217ENST00000557632 611 ntTSL 27.9□□□□□ -1.142e-6■■□□□ 13.5
CPSF6Q16630 PSMC6-218ENST00000606149 1560 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC7.85□□□□□ -1.152e-6■■□□□ 13.5
CPSF6Q16630 PSMC6-216ENST00000557557 2939 ntTSL 26.2□□□□□ -1.422e-6■■□□□ 13.5
CPSF6Q16630 PSMC6-219ENST00000612399 1590 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.19□□□□□ -1.422e-6■■□□□ 13.5
CPSF6Q16630 PSMC6-201ENST00000445930 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.06□□□□□ -1.62e-6■■□□□ 13.5
CPSF6Q16630 SON-217ENST00000478183 1818 ntTSL 1 (best)9.28□□□□□ -0.924e-7■■□□□ 13.4
CPSF6Q16630 SON-219ENST00000491794 995 ntTSL 27.22□□□□□ -1.254e-7■■□□□ 13.4
CPSF6Q16630 CLSPN-201ENST00000251195 4769 ntTSL 1 (best) BASIC7.26□□□□□ -1.252e-7■■□□□ 13.3
CPSF6Q16630 CLSPN-202ENST00000318121 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.6□□□□□ -1.512e-7■■□□□ 13.3
CPSF6Q16630 CLSPN-203ENST00000373220 3977 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC4.87□□□□□ -1.632e-7■■□□□ 13.3
CPSF6Q16630 CLSPN-206ENST00000520551 4010 ntTSL 1 (best) BASIC4.83□□□□□ -1.642e-7■■□□□ 13.3
CPSF6Q16630 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC18.8■□□□□ 0.68e-9■■□□□ 13.3
CPSF6Q16630 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.468e-9■■□□□ 13.3
CPSF6Q16630 BUB1B-202ENST00000412359 3628 ntTSL 2 BASIC8.75□□□□□ -1.018e-9■■□□□ 13.3
CPSF6Q16630 BUB1B-201ENST00000287598 3725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.75□□□□□ -1.018e-9■■□□□ 13.3
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