Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL4A3Q01955 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
COL4A3Q01955 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL4A3Q01955 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL4A3Q01955 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.8 ms