Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXA1P49639 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXA1P49639 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXA1P49639 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXA1P49639 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
HOXA1P49639 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.78
HOXA1P49639 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC19.89■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.89■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.85■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.84■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.77
HOXA1P49639 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.83■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.82■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.81■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.8■□□□□ 0.76
HOXA1P49639 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.79■□□□□ 0.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms