Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
SEMA3DO95025 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
SEMA3DO95025 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
SEMA3DO95025 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SEMA3DO95025 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SEMA3DO95025 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
SEMA3DO95025 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
SEMA3DO95025 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
SEMA3DO95025 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms