Protein–RNA interactions for Protein: O60260

PRKN, E3 ubiquitin-protein ligase parkin, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 465 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRKNO60260 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
PRKNO60260 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PRKNO60260 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
PRKNO60260 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
PRKNO60260 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
PRKNO60260 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
PRKNO60260 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PRKNO60260 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PRKNO60260 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PRKNO60260 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
PRKNO60260 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PRKNO60260 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PRKNO60260 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PRKNO60260 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
PRKNO60260 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
PRKNO60260 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRKNO60260 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRKNO60260 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRKNO60260 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRKNO60260 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
PRKNO60260 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRKNO60260 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
PRKNO60260 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRKNO60260 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRKNO60260 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRKNO60260 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRKNO60260 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
PRKNO60260 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRKNO60260 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
PRKNO60260 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRKNO60260 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRKNO60260 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRKNO60260 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRKNO60260 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRKNO60260 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PRKNO60260 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRKNO60260 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRKNO60260 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRKNO60260 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
PRKNO60260 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
PRKNO60260 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRKNO60260 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PRKNO60260 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRKNO60260 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRKNO60260 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRKNO60260 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRKNO60260 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRKNO60260 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRKNO60260 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRKNO60260 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PRKNO60260 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PRKNO60260 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PRKNO60260 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PRKNO60260 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PRKNO60260 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PRKNO60260 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.22
PRKNO60260 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
PRKNO60260 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRKNO60260 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRKNO60260 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRKNO60260 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRKNO60260 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRKNO60260 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PRKNO60260 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRKNO60260 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRKNO60260 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRKNO60260 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
PRKNO60260 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PRKNO60260 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
PRKNO60260 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PRKNO60260 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
PRKNO60260 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PRKNO60260 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
PRKNO60260 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PRKNO60260 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PRKNO60260 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
PRKNO60260 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PRKNO60260 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PRKNO60260 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
PRKNO60260 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PRKNO60260 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PRKNO60260 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PRKNO60260 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
PRKNO60260 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
PRKNO60260 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
PRKNO60260 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PRKNO60260 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
PRKNO60260 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
PRKNO60260 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
PRKNO60260 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PRKNO60260 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PRKNO60260 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
PRKNO60260 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
PRKNO60260 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PRKNO60260 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
PRKNO60260 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
PRKNO60260 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PRKNO60260 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PRKNO60260 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PRKNO60260 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 217.8 ms