Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
SKA3Q8IX90 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SKA3Q8IX90 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SKA3Q8IX90 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SKA3Q8IX90 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms