Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.1■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC34.08■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC34.08■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
NPHP3Q7Z494 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC34.05■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC34.05■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC34.05■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC34.04■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC34.04■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.04■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC34.03■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC34.02■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC34.02■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC34.02■■■■□ 3.04
NPHP3Q7Z494 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC34.01■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC33.97■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP3Q7Z494 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC33.94■■■■□ 3.02
NPHP3Q7Z494 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC33.94■■■■□ 3.02
NPHP3Q7Z494 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC33.93■■■■□ 3.02
NPHP3Q7Z494 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC33.92■■■■□ 3.02
NPHP3Q7Z494 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC33.92■■■■□ 3.02
NPHP3Q7Z494 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.92■■■■□ 3.02
NPHP3Q7Z494 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
NPHP3Q7Z494 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
NPHP3Q7Z494 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.91■■■■□ 3.02
NPHP3Q7Z494 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC33.9■■■■□ 3.02
NPHP3Q7Z494 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
NPHP3Q7Z494 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
NPHP3Q7Z494 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC33.86■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC33.85■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC33.82■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC33.82■■■■□ 3.01
NPHP3Q7Z494 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms