Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Fbxl3-204ENSMUST00000132004 2534 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Gm15156-201ENSMUST00000148217 417 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Atp5j-201ENSMUST00000023608 809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Fam60a-202ENSMUST00000081956 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Ptbp3-208ENSMUST00000172768 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Gas2l1-202ENSMUST00000056649 2847 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Plpp2-204ENSMUST00000166804 1566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Tmem158-201ENSMUST00000068140 1712 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 C130046K22Rik-201ENSMUST00000129780 727 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Hand2-201ENSMUST00000040104 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Tlk2-202ENSMUST00000092537 2743 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Gm27021-201ENSMUST00000181333 758 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Kdf1-202ENSMUST00000105901 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Guk1-204ENSMUST00000170202 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Cnnm1-202ENSMUST00000223787 2931 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 4933440N22Rik-202ENSMUST00000204444 1952 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Naa20-201ENSMUST00000002805 1172 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Susd6-203ENSMUST00000220238 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Sdccag3-203ENSMUST00000114100 2099 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Sdccag3-204ENSMUST00000114102 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Picalm-212ENSMUST00000208730 3427 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Banp-202ENSMUST00000093078 2289 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Tceal3-201ENSMUST00000060904 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Htra1-201ENSMUST00000006367 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Purg-202ENSMUST00000078058 1795 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Gm6934-201ENSMUST00000194780 1905 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Cnep1r1-201ENSMUST00000095214 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CtcfQ61164 Luc7l3-203ENSMUST00000107821 2050 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Grin2d-201ENSMUST00000002848 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Wtap-203ENSMUST00000159551 2060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 St7-207ENSMUST00000115418 1678 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 AC164433.2-201ENSMUST00000226346 1701 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 March2-206ENSMUST00000173329 2566 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 AC131739.1-201ENSMUST00000221692 1245 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Chst14-201ENSMUST00000099546 2090 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Taf4-204ENSMUST00000227325 4380 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Dyrk1b-202ENSMUST00000172467 2523 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Dyrk1b-201ENSMUST00000085901 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Emc10-202ENSMUST00000118808 1872 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Anapc11-202ENSMUST00000093140 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Rab40b-201ENSMUST00000106107 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Gm28513-201ENSMUST00000191474 613 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Npas1-202ENSMUST00000210748 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Homer1-207ENSMUST00000109494 2468 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 C2cd4b-201ENSMUST00000171652 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Gm6277-202ENSMUST00000224036 2779 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Peli3-201ENSMUST00000025834 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Mfsd4b2-201ENSMUST00000045526 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Slc22a17-210ENSMUST00000228495 2340 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 P4htm-201ENSMUST00000006853 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Txnrd2-214ENSMUST00000205679 1866 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CtcfQ61164 Kcnc3-203ENSMUST00000207493 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Gm4799-201ENSMUST00000095396 657 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Ppp4c-201ENSMUST00000032936 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Opn3-201ENSMUST00000027809 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Tsen34-201ENSMUST00000038521 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Sdccag3-201ENSMUST00000028293 2031 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Gimap1-205ENSMUST00000204168 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Prr5-202ENSMUST00000171460 1719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Gm29254-202ENSMUST00000189302 883 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Irf5-201ENSMUST00000004392 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Bean1-202ENSMUST00000164076 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Cadps-201ENSMUST00000067491 5421 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Syt6-204ENSMUST00000118563 1843 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Dlx2-201ENSMUST00000024159 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 1700084E18Rik-202ENSMUST00000205624 729 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Pard6a-201ENSMUST00000093195 1265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Whrn-202ENSMUST00000063672 2804 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CtcfQ61164 Dtnbp1-202ENSMUST00000110128 1305 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CtcfQ61164 Dcaf15-201ENSMUST00000041367 2312 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.8 ms