Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 RBM28-202ENST00000415472 2251 ntTSL 2 BASIC11.42□□□□□ -0.588e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 RBM28-206ENST00000487602 715 ntTSL 57.72□□□□□ -1.178e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 RBM28-201ENST00000223073 15507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.57□□□□□ -1.368e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 RBM28-207ENST00000488249 570 ntTSL 35.32□□□□□ -1.568e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-202ENST00000311275 5362 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.56□□□□□ -0.721e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-205ENST00000360911 4991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.25□□□□□ -0.771e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-217ENST00000536340 5273 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC10.09□□□□□ -0.791e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-220ENST00000617418 3411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.83□□□□□ -0.841e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-214ENST00000467200 3634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)9.6□□□□□ -0.871e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-204ENST00000355972 5542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC9.5□□□□□ -0.891e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-215ENST00000468376 4064 ntTSL 1 (best)9.33□□□□□ -0.921e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-213ENST00000461685 3567 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC8.88□□□□□ -0.991e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-207ENST00000396281 5511 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.56□□□□□ -1.041e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-219ENST00000611941 5090 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.54□□□□□ -1.041e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-218ENST00000540497 3405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.54□□□□□ -1.041e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-203ENST00000352431 3832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.35□□□□□ -1.071e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-201ENST00000262975 4139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.35□□□□□ -1.071e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-206ENST00000372023 5144 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.1□□□□□ -1.111e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-221ENST00000619049 4027 ntTSL 5 BASIC7.8□□□□□ -1.161e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-216ENST00000471951 4053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.75□□□□□ -1.171e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-212ENST00000458360 3729 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.64□□□□□ -1.191e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZMYND8-211ENST00000446994 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.59□□□□□ -1.191e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 RIMKLB-201ENST00000299673 2033 ntTSL 1 (best)19.36■□□□□ 0.698e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.658e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 RIMKLB-213ENST00000619374 1519 ntTSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.558e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 RIMKLB-212ENST00000544257 1589 ntTSL 1 (best)9.14□□□□□ -0.958e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 RIMKLB-207ENST00000538135 5392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.25□□□□□ -1.418e-9■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.112e-8■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 SUGP2-203ENST00000452918 6176 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.39□□□□□ -0.272e-8■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 SUGP2-204ENST00000593795 747 ntTSL 512.69□□□□□ -0.382e-8■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 SUGP2-201ENST00000330854 3629 ntTSL 1 (best)9.39□□□□□ -0.912e-8■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 SUGP2-206ENST00000594773 4169 ntTSL 29.33□□□□□ -0.922e-8■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 SUGP2-207ENST00000597095 536 ntTSL 28.06□□□□□ -1.122e-8■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 SUGP2-208ENST00000597163 423 ntTSL 34.58□□□□□ -1.682e-8■■■□□ 14.9
CPSF6Q16630 ZNF207-201ENST00000321233 2283 ntTSL 1 (best) BASIC10.16□□□□□ -0.781e-9■■■□□ 14.8
CPSF6Q16630 ZNF207-211ENST00000579810 979 ntTSL 59.65□□□□□ -0.861e-9■■■□□ 14.8
CPSF6Q16630 ZNF207-204ENST00000394673 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.63□□□□□ -1.031e-9■■■□□ 14.8
CPSF6Q16630 ZNF207-207ENST00000577908 4672 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.28□□□□□ -1.081e-9■■■□□ 14.8
CPSF6Q16630 ZNF207-213ENST00000581531 3560 ntTSL 55.52□□□□□ -1.531e-9■■■□□ 14.8
CPSF6Q16630 ZNF207-203ENST00000394670 13781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.66□□□□□ -1.661e-9■■■□□ 14.8
CPSF6Q16630 PSMA7-205ENST00000484488 1023 ntTSL 321.99■■□□□ 1.114e-7■■■□□ 14.7
CPSF6Q16630 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.264e-7■■■□□ 14.7
CPSF6Q16630 PSMA7-204ENST00000442551 685 ntTSL 314.28□□□□□ -0.124e-7■■■□□ 14.7
CPSF6Q16630 NMU-204ENST00000509371 283 ntTSL 1 (best)4.87□□□□□ -1.638e-7■■■□□ 14.7
CPSF6Q16630 YTHDC2-201ENST00000161863 6316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.1□□□□□ -0.632e-7■■■□□ 14.7
CPSF6Q16630 SZT2-209ENST00000562955 13968 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.65□□□□□ -0.72e-7■■■□□ 14.7
CPSF6Q16630 SZT2-210ENST00000634258 11045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.66□□□□□ -1.022e-7■■■□□ 14.7
CPSF6Q16630 YTHDC2-205ENST00000512600 6708 ntTSL 24.44□□□□□ -1.72e-7■■■□□ 14.7
CPSF6Q16630 ZC3H15-201ENST00000337859 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.86□□□□□ -1.152e-7■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 ZC3H15-208ENST00000496289 554 ntTSL 57.69□□□□□ -1.182e-7■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 ZC3H15-207ENST00000481101 558 ntTSL 47.31□□□□□ -1.242e-7■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 ZC3H15-202ENST00000421536 1101 ntTSL 27.12□□□□□ -1.272e-7■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 ZC3H15-205ENST00000468120 601 ntTSL 46.22□□□□□ -1.412e-7■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.337e-8■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.197e-8■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 KAT6B-206ENST00000490365 6532 ntTSL 28.57□□□□□ -1.045e-6■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 KAT6B-205ENST00000372725 6944 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.85□□□□□ -1.155e-6■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 KAT6B-202ENST00000372711 7560 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.56□□□□□ -1.25e-6■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 KAT6B-203ENST00000372714 5892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.13□□□□□ -1.275e-6■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 KAT6B-204ENST00000372724 7106 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.13□□□□□ -1.275e-6■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 KAT6B-201ENST00000287239 8287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.3□□□□□ -1.565e-6■■■□□ 14.6
CPSF6Q16630 METAP2-206ENST00000549136 388 ntTSL 26.27□□□□□ -1.418e-21■■□□□ 14.5
CPSF6Q16630 HBP1-201ENST00000222574 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.15□□□□□ -0.142e-10■■□□□ 14.5
CPSF6Q16630 HBP1-212ENST00000485846 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.252e-10■■□□□ 14.5
CPSF6Q16630 HBP1-208ENST00000468410 2704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.23□□□□□ -1.252e-10■■□□□ 14.5
CPSF6Q16630 HBP1-204ENST00000463790 433 ntTSL 56.43□□□□□ -1.382e-10■■□□□ 14.5
CPSF6Q16630 HBP1-215ENST00000607681 476 ntTSL 24.37□□□□□ -1.712e-10■■□□□ 14.5
CPSF6Q16630 HBP1-202ENST00000461963 581 ntTSL 54.2□□□□□ -1.742e-10■■□□□ 14.5
CPSF6Q16630 HBP1-203ENST00000463202 2646 ntTSL 1 (best)4.19□□□□□ -1.742e-10■■□□□ 14.5
CPSF6Q16630 ARGLU1-201ENST00000360629 361 ntTSL 25.32□□□□□ -1.562e-7■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 C11orf58-201ENST00000228136 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.391e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 MATR3-235ENST00000506147 580 ntTSL 415.23■□□□□ 0.032e-12■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 FAF1-202ENST00000396153 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.021e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 MATR3-239ENST00000514694 587 ntTSL 414.62□□□□□ -0.072e-12■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 MATR3-238ENST00000512107 579 ntTSL 413.89□□□□□ -0.192e-12■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 SRSF6-202ENST00000483871 1680 ntTSL 213.55□□□□□ -0.241e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 MATR3-233ENST00000504203 2243 ntTSL 2 BASIC12.73□□□□□ -0.372e-12■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 MATR3-237ENST00000509990 3249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.18□□□□□ -0.462e-12■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 C11orf58-207ENST00000525684 575 ntTSL 2 BASIC12.03□□□□□ -0.481e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 C11orf58-209ENST00000528634 776 ntTSL 5 BASIC12.03□□□□□ -0.481e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 C11orf58-202ENST00000524439 405 ntTSL 311.93□□□□□ -0.51e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 MATR3-236ENST00000509644 750 ntTSL 311.73□□□□□ -0.532e-12■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 MATR3-231ENST00000502394 589 ntTSL 411.68□□□□□ -0.542e-12■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 LINC00470-210ENST00000584090 1334 ntTSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.583e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 MATR3-234ENST00000505016 664 ntTSL 211.23□□□□□ -0.612e-12■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 LINC00470-211ENST00000584492 1281 ntTSL 1 (best) BASIC10.68□□□□□ -0.73e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 LINC00470-203ENST00000577867 1211 ntTSL 1 (best)10.32□□□□□ -0.763e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 TPM3-217ENST00000504663 870 ntTSL 210.01□□□□□ -0.811e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 UPF2-204ENST00000460569 640 ntTSL 29.75□□□□□ -0.851e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 TPM3-221ENST00000513769 539 ntTSL 39.55□□□□□ -0.881e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 LINC00470-201ENST00000412816 2031 ntTSL 2 BASIC9.46□□□□□ -0.893e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 FAF1-201ENST00000371778 1643 ntTSL 1 (best) BASIC9.22□□□□□ -0.931e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 SRSF6-201ENST00000244020 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.01□□□□□ -0.971e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 UPF2-202ENST00000357604 5193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.86□□□□□ -0.991e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 TPM3-213ENST00000368545 2147 ntTSL 1 (best)8.36□□□□□ -1.071e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 MATR3-229ENST00000361059 3970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.04□□□□□ -1.122e-12■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 MATR3-232ENST00000502929 4373 ntTSL 2 BASIC8□□□□□ -1.132e-12■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 LINC00470-204ENST00000578835 674 ntTSL 27.7□□□□□ -1.183e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 UPF2-203ENST00000397053 5369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.25□□□□□ -1.251e-6■■□□□ 14.4
CPSF6Q16630 LINC00470-206ENST00000581212 721 ntTSL 1 (best)6.9□□□□□ -1.33e-6■■□□□ 14.4
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