Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP4Q13107 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP4Q13107 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP4Q13107 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP4Q13107 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP4Q13107 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP4Q13107 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP4Q13107 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
USP4Q13107 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP4Q13107 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP4Q13107 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP4Q13107 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP4Q13107 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP4Q13107 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP4Q13107 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP4Q13107 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP4Q13107 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP4Q13107 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP4Q13107 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
USP4Q13107 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP4Q13107 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP4Q13107 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP4Q13107 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP4Q13107 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP4Q13107 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
USP4Q13107 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
USP4Q13107 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP4Q13107 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP4Q13107 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP4Q13107 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP4Q13107 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
USP4Q13107 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
USP4Q13107 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
USP4Q13107 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP4Q13107 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP4Q13107 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
USP4Q13107 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP4Q13107 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP4Q13107 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP4Q13107 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP4Q13107 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP4Q13107 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP4Q13107 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP4Q13107 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP4Q13107 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
USP4Q13107 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP4Q13107 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP4Q13107 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP4Q13107 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
USP4Q13107 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP4Q13107 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP4Q13107 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP4Q13107 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP4Q13107 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
USP4Q13107 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
USP4Q13107 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP4Q13107 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
USP4Q13107 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
USP4Q13107 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
USP4Q13107 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP4Q13107 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP4Q13107 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP4Q13107 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP4Q13107 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP4Q13107 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP4Q13107 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP4Q13107 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP4Q13107 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP4Q13107 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
USP4Q13107 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USP4Q13107 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP4Q13107 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP4Q13107 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
USP4Q13107 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
USP4Q13107 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP4Q13107 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP4Q13107 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
USP4Q13107 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
USP4Q13107 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP4Q13107 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP4Q13107 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP4Q13107 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP4Q13107 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
USP4Q13107 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP4Q13107 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP4Q13107 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
USP4Q13107 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP4Q13107 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP4Q13107 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP4Q13107 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
USP4Q13107 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP4Q13107 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP4Q13107 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP4Q13107 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
USP4Q13107 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP4Q13107 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP4Q13107 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
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