Protein–RNA interactions for Protein: P59114

Pcif1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 706 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Pcif1P59114 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Pcif1P59114 Grasp-201ENSMUST00000000543 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Pcif1P59114 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Pcif1P59114 Arhgap9-201ENSMUST00000069548 1782 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Pcif1P59114 Gm45051-201ENSMUST00000206838 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Pcif1P59114 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Pcif1P59114 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Rpl35-201ENSMUST00000080861 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Deaf1-201ENSMUST00000080553 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Adgrb1-202ENSMUST00000170845 2704 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Gm11542-201ENSMUST00000126480 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Plpp5-201ENSMUST00000068916 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Tbc1d10a-206ENSMUST00000180088 1921 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Timm50-201ENSMUST00000081946 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Ppp2r3d-202ENSMUST00000180270 450 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Tlx2-202ENSMUST00000174674 1514 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Pcif1P59114 Tmem150a-202ENSMUST00000132243 1478 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Erf-202ENSMUST00000116343 690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Micu2-201ENSMUST00000022543 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 AC061963.1-201ENSMUST00000213180 1765 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Cmas-201ENSMUST00000032419 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 A030014E15Rik-201ENSMUST00000223400 796 ntAPPRIS P1 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 AC117769.4-201ENSMUST00000225679 685 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 6430628N08Rik-202ENSMUST00000165938 1602 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Tmem221-201ENSMUST00000052072 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Gm7199-201ENSMUST00000118327 1485 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Cbln1-202ENSMUST00000169693 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Foxn3-209ENSMUST00000177451 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Pcif1P59114 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Kctd15-202ENSMUST00000108069 2407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Emid1-208ENSMUST00000163299 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Gm27040-201ENSMUST00000181984 504 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Cdkn2c-202ENSMUST00000097921 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Ppa2-203ENSMUST00000122334 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Homer3-201ENSMUST00000003669 2323 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Ntn5-203ENSMUST00000183120 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 D130020L05Rik-201ENSMUST00000180800 2431 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
Pcif1P59114 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Pdp1-201ENSMUST00000056050 1881 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 St3gal2-202ENSMUST00000117534 2177 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 6430628N08Rik-201ENSMUST00000132221 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 A430027H14Rik-201ENSMUST00000191809 1467 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Syndig1l-201ENSMUST00000095550 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Pantr1-205ENSMUST00000177136 1543 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Ccnl2-201ENSMUST00000030944 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Adat3-204ENSMUST00000038411 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Tmpo-204ENSMUST00000099355 1953 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
Pcif1P59114 Gm10125-205ENSMUST00000161921 1463 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.1 ms