Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSX2P35548 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSX2P35548 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSX2P35548 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSX2P35548 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSX2P35548 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
MSX2P35548 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSX2P35548 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSX2P35548 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
MSX2P35548 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSX2P35548 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSX2P35548 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSX2P35548 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSX2P35548 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSX2P35548 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
MSX2P35548 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSX2P35548 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSX2P35548 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSX2P35548 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
MSX2P35548 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSX2P35548 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSX2P35548 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSX2P35548 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
MSX2P35548 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSX2P35548 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSX2P35548 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSX2P35548 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSX2P35548 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSX2P35548 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSX2P35548 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSX2P35548 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
MSX2P35548 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSX2P35548 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSX2P35548 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSX2P35548 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSX2P35548 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSX2P35548 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSX2P35548 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSX2P35548 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSX2P35548 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
MSX2P35548 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSX2P35548 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSX2P35548 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSX2P35548 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSX2P35548 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
MSX2P35548 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX2P35548 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX2P35548 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX2P35548 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX2P35548 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX2P35548 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX2P35548 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX2P35548 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX2P35548 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
MSX2P35548 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSX2P35548 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSX2P35548 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSX2P35548 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSX2P35548 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSX2P35548 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
MSX2P35548 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSX2P35548 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
MSX2P35548 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX2P35548 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX2P35548 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX2P35548 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX2P35548 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX2P35548 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX2P35548 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX2P35548 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX2P35548 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
MSX2P35548 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSX2P35548 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSX2P35548 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
MSX2P35548 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSX2P35548 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSX2P35548 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSX2P35548 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
MSX2P35548 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.31
MSX2P35548 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSX2P35548 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSX2P35548 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
MSX2P35548 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
MSX2P35548 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
MSX2P35548 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSX2P35548 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSX2P35548 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSX2P35548 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
MSX2P35548 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX2P35548 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX2P35548 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX2P35548 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX2P35548 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX2P35548 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX2P35548 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX2P35548 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX2P35548 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
MSX2P35548 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSX2P35548 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
MSX2P35548 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms