Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
SNHG28P0DPA3 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.16
SNHG28P0DPA3 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SNHG28P0DPA3 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SNHG28P0DPA3 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms