Protein–RNA interactions for Protein: A6NKD9

CCDC85C, Coiled-coil domain-containing protein 85C, humanhuman

Predictions only

Length 419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC85CA6NKD9 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC85CA6NKD9 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CCDC85CA6NKD9 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC85CA6NKD9 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CCDC85CA6NKD9 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC85CA6NKD9 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC85CA6NKD9 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC85CA6NKD9 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CCDC85CA6NKD9 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CCDC85CA6NKD9 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
CCDC85CA6NKD9 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC85CA6NKD9 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC85CA6NKD9 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC85CA6NKD9 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC28■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
CCDC85CA6NKD9 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.6 ms