Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2B5

VPS9D1, VPS9 domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 631 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS9D1Q9Y2B5 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS9D1Q9Y2B5 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS9D1Q9Y2B5 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS9D1Q9Y2B5 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS9D1Q9Y2B5 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS9D1Q9Y2B5 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
VPS9D1Q9Y2B5 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS9D1Q9Y2B5 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS9D1Q9Y2B5 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VPS9D1Q9Y2B5 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS9D1Q9Y2B5 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS9D1Q9Y2B5 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
VPS9D1Q9Y2B5 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS9D1Q9Y2B5 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS9D1Q9Y2B5 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS9D1Q9Y2B5 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
VPS9D1Q9Y2B5 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS9D1Q9Y2B5 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS9D1Q9Y2B5 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS9D1Q9Y2B5 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
VPS9D1Q9Y2B5 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 92.1 ms