Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
LIMA1Q9UHB6 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
LIMA1Q9UHB6 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC26.95■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
LIMA1Q9UHB6 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
LIMA1Q9UHB6 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.2 ms