Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS29Q9UBQ0 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VPS29Q9UBQ0 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VPS29Q9UBQ0 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms