Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQC3

RTN4, Reticulon-4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,192 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTN4Q9NQC3 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
RTN4Q9NQC3 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
RTN4Q9NQC3 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
RTN4Q9NQC3 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
RTN4Q9NQC3 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC28.69■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC28.68■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
RTN4Q9NQC3 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
RTN4Q9NQC3 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC28.53■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
RTN4Q9NQC3 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
RTN4Q9NQC3 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.6 ms