Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NUP88Q99567 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
NUP88Q99567 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NUP88Q99567 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NUP88Q99567 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NUP88Q99567 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NUP88Q99567 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NUP88Q99567 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NUP88Q99567 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
NUP88Q99567 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NUP88Q99567 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
NUP88Q99567 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC28.9■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
NUP88Q99567 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC28.88■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
NUP88Q99567 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
NUP88Q99567 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.9 ms