Protein–RNA interactions for Protein: Q61818

Rai1, Retinoic acid-induced protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 1,889 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rai1Q61818 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Rai1Q61818 Gm45444-201ENSMUST00000211394 898 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Nucks1-203ENSMUST00000189946 2375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Gm13238-201ENSMUST00000117655 780 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Unc119-201ENSMUST00000002127 1329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Mt2-201ENSMUST00000034214 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Gm15820-201ENSMUST00000201566 728 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Pcf11-204ENSMUST00000208058 461 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Sarnp-203ENSMUST00000219512 953 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Rai1Q61818 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 A930002H24Rik-201ENSMUST00000050753 492 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Syce2-202ENSMUST00000136026 1686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Tmem55b-206ENSMUST00000161166 1445 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Dusp2-201ENSMUST00000028846 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Rin3-207ENSMUST00000150795 937 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Gm16599-201ENSMUST00000148082 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Fam149b-203ENSMUST00000090499 2370 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Fezf2-202ENSMUST00000224023 1917 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 AC093043.1-201ENSMUST00000226700 898 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Camk2n2-201ENSMUST00000052939 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Cldnd1-204ENSMUST00000162057 1540 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 2410017I17Rik-202ENSMUST00000090537 2053 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Ubp1-203ENSMUST00000116492 2111 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Runx2-211ENSMUST00000162629 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Gm15039-201ENSMUST00000118914 875 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
Rai1Q61818 B230377A18Rik-202ENSMUST00000192921 1364 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Socs2-202ENSMUST00000119917 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Susd3-203ENSMUST00000119721 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Gm20684-201ENSMUST00000176744 380 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Fam98c-209ENSMUST00000164589 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Neurog2-201ENSMUST00000029587 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Kcnj6-201ENSMUST00000095873 1773 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Fgf8-206ENSMUST00000111928 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Ppia-202ENSMUST00000132846 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Siah1a-201ENSMUST00000045296 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Hrasls-204ENSMUST00000162747 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 2310061I04Rik-202ENSMUST00000146451 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Gt(ROSA)26Sor-201ENSMUST00000124246 1181 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 March2-203ENSMUST00000172767 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Npas1-201ENSMUST00000002053 2091 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
Rai1Q61818 Gm10645-201ENSMUST00000098605 1090 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Fgf16-201ENSMUST00000033581 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Sox17-202ENSMUST00000116652 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Usf2-203ENSMUST00000162228 960 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Rps24-207ENSMUST00000224568 714 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Mpv17l2-201ENSMUST00000038626 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Gm14117-201ENSMUST00000122417 843 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Papola-211ENSMUST00000166735 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Tmem238-201ENSMUST00000168578 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Fam96b-203ENSMUST00000164884 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Foxb2-201ENSMUST00000072915 1515 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Gm28040-202ENSMUST00000184603 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Rpl34-201ENSMUST00000062601 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Rai1Q61818 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.9 ms