Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Dbp-201ENSMUST00000080885 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Ctdspl-201ENSMUST00000073109 4589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Picalm-205ENSMUST00000207225 3489 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Nrarp-201ENSMUST00000104999 2582 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Arrdc2-201ENSMUST00000002989 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 P4ha3-201ENSMUST00000057023 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Bend6-201ENSMUST00000062289 2487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Rnf39-201ENSMUST00000040498 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Btbd2-202ENSMUST00000126980 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Antxr1-204ENSMUST00000204805 2156 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Nab1-201ENSMUST00000069792 3874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 4930542C12Rik-201ENSMUST00000171096 1203 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Tmem98-201ENSMUST00000040865 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Slc15a4-201ENSMUST00000031367 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Gm4419-202ENSMUST00000226239 1431 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Hoxa11-201ENSMUST00000048026 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 2410022M11Rik-201ENSMUST00000186474 1911 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Rab3il1-202ENSMUST00000117641 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Ybx3-202ENSMUST00000087865 1684 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Gng3-201ENSMUST00000096259 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CtcfQ61164 Acot3-202ENSMUST00000120927 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Kras-201ENSMUST00000032399 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Dhrs13os-201ENSMUST00000150471 2429 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Cnot6-201ENSMUST00000020624 2498 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Dbndd2-202ENSMUST00000069385 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Nckap5los-201ENSMUST00000159738 1712 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Homer3-203ENSMUST00000110124 2445 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Rfx5-204ENSMUST00000107255 2350 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Krt10-201ENSMUST00000103131 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Xbp1-201ENSMUST00000063084 2129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Snx7-201ENSMUST00000029639 2021 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Prph-201ENSMUST00000024249 1769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Slc30a3-201ENSMUST00000031037 2089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Zfp513-201ENSMUST00000031562 2213 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Cib1-201ENSMUST00000065163 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 E330009J07Rik-201ENSMUST00000039008 1949 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Mgrn1-201ENSMUST00000023159 3293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Nipa1-201ENSMUST00000052204 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CtcfQ61164 Henmt1-201ENSMUST00000059946 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Ptpn18-206ENSMUST00000188972 414 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Rmnd5a-201ENSMUST00000002292 6165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 St7-209ENSMUST00000115420 2094 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Tmed2-201ENSMUST00000060226 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Mnx1-202ENSMUST00000165512 2245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Scn1b-201ENSMUST00000098548 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Agps-202ENSMUST00000111952 2589 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Dgat2-201ENSMUST00000033001 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Fbxl5-205ENSMUST00000121736 2144 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 B3gat1-203ENSMUST00000159799 2021 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Mtor-201ENSMUST00000057580 1003 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Hexdc-201ENSMUST00000038831 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Gm8503-201ENSMUST00000118131 455 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Kras-207ENSMUST00000203147 817 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 A030003K21Rik-201ENSMUST00000222600 830 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 AY074887-201ENSMUST00000054018 769 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CtcfQ61164 Pbx2-201ENSMUST00000038149 3068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Otulin-201ENSMUST00000059662 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Snrpe-202ENSMUST00000164574 597 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Fam89a-201ENSMUST00000055257 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Fam89b-202ENSMUST00000116558 1189 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Lrrc24-201ENSMUST00000036247 1758 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CtcfQ61164 Zgpat-202ENSMUST00000108807 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 138.5 ms