Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP4Q13107 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
USP4Q13107 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
USP4Q13107 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP4Q13107 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP4Q13107 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP4Q13107 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
USP4Q13107 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP4Q13107 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP4Q13107 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP4Q13107 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP4Q13107 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP4Q13107 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP4Q13107 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP4Q13107 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP4Q13107 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP4Q13107 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP4Q13107 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP4Q13107 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP4Q13107 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP4Q13107 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP4Q13107 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP4Q13107 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP4Q13107 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
USP4Q13107 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP4Q13107 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP4Q13107 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP4Q13107 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP4Q13107 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP4Q13107 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
USP4Q13107 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
USP4Q13107 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP4Q13107 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
USP4Q13107 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP4Q13107 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP4Q13107 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP4Q13107 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
USP4Q13107 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
USP4Q13107 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP4Q13107 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP4Q13107 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP4Q13107 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
USP4Q13107 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP4Q13107 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP4Q13107 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP4Q13107 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP4Q13107 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP4Q13107 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP4Q13107 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP4Q13107 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP4Q13107 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
USP4Q13107 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP4Q13107 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP4Q13107 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP4Q13107 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP4Q13107 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP4Q13107 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP4Q13107 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP4Q13107 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP4Q13107 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP4Q13107 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP4Q13107 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP4Q13107 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP4Q13107 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
USP4Q13107 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP4Q13107 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP4Q13107 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
USP4Q13107 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP4Q13107 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP4Q13107 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP4Q13107 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP4Q13107 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP4Q13107 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP4Q13107 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP4Q13107 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP4Q13107 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP4Q13107 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP4Q13107 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
USP4Q13107 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP4Q13107 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP4Q13107 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP4Q13107 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
USP4Q13107 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP4Q13107 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP4Q13107 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP4Q13107 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP4Q13107 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP4Q13107 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP4Q13107 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP4Q13107 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms