Protein–RNA interactions for Protein: P67936

TPM4, Tropomyosin alpha-4 chain, humanhuman

Predictions only

Length 248 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TPM4P67936 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
TPM4P67936 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
TPM4P67936 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TPM4P67936 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TPM4P67936 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TPM4P67936 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TPM4P67936 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
TPM4P67936 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TPM4P67936 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
TPM4P67936 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TPM4P67936 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
TPM4P67936 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
TPM4P67936 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
TPM4P67936 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TPM4P67936 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TPM4P67936 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TPM4P67936 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
TPM4P67936 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
TPM4P67936 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
TPM4P67936 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
TPM4P67936 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
TPM4P67936 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
TPM4P67936 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
TPM4P67936 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TPM4P67936 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TPM4P67936 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TPM4P67936 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TPM4P67936 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TPM4P67936 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TPM4P67936 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TPM4P67936 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TPM4P67936 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TPM4P67936 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TPM4P67936 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TPM4P67936 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TPM4P67936 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TPM4P67936 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
TPM4P67936 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TPM4P67936 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TPM4P67936 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TPM4P67936 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TPM4P67936 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
TPM4P67936 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TPM4P67936 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TPM4P67936 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TPM4P67936 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TPM4P67936 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TPM4P67936 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TPM4P67936 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TPM4P67936 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TPM4P67936 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TPM4P67936 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TPM4P67936 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TPM4P67936 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TPM4P67936 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TPM4P67936 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
TPM4P67936 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
TPM4P67936 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TPM4P67936 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TPM4P67936 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TPM4P67936 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TPM4P67936 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TPM4P67936 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TPM4P67936 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TPM4P67936 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TPM4P67936 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TPM4P67936 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TPM4P67936 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TPM4P67936 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TPM4P67936 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TPM4P67936 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TPM4P67936 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TPM4P67936 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
TPM4P67936 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TPM4P67936 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TPM4P67936 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TPM4P67936 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TPM4P67936 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TPM4P67936 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TPM4P67936 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
TPM4P67936 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TPM4P67936 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
TPM4P67936 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
TPM4P67936 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TPM4P67936 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TPM4P67936 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TPM4P67936 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TPM4P67936 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TPM4P67936 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TPM4P67936 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TPM4P67936 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TPM4P67936 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TPM4P67936 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TPM4P67936 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TPM4P67936 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TPM4P67936 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TPM4P67936 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
TPM4P67936 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
TPM4P67936 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
TPM4P67936 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms