Protein–RNA interactions for Protein: P06340

HLA-DOA, HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 250 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DOAP06340 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC29.41■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
HLA-DOAP06340 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC29.35■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC29.33■■■□□ 2.29
HLA-DOAP06340 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC29.28■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
HLA-DOAP06340 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
HLA-DOAP06340 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms