Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC27.29■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
LIMA1Q9UHB6 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
LIMA1Q9UHB6 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
LIMA1Q9UHB6 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC27.14■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
LIMA1Q9UHB6 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.2 ms