Protein–RNA interactions for Protein: Q9NQT5

EXOSC3, Exosome complex component RRP40, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 275 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC3Q9NQT5 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC22.77■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
EXOSC3Q9NQT5 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.72■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
EXOSC3Q9NQT5 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.66■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
EXOSC3Q9NQT5 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
EXOSC3Q9NQT5 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms